A região que formou o município de Atibaia era considerada de extrema beleza, sendo de domínio dos índios caetês, caquazados e maracanãs. Dominavam a serra e seus vales profundos, com seus rios límpidos e frescos, que desciam das montanhas para engrossar um rio, que então era chamado de Tubaia.
Da origem tupi, temos Tybaia, sendo TY – baia (ou aia), que significa rio manso, de águas tranquilas, abundantes, agradáveis ao paladar.
Até chegar ao nome Atibaia, o vocábulo passou por várias modificaçõs: Thibaia, Atubaia, Thibaya, mas o significado continuou o mesmo, “manancial de água saudável”.